治療薬として開発されたオリゴヌクレオチドは種々の形態をとります。特定の遺伝子/タンパク質の発現をダウンレギュレートまたはオフにする「遺伝子サイレンシング」に影響を与える可能性があるアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、small interfering RNA (siRNA)、小ヘアピンRNAs (shRNA) およびマイクロRNA (miRNA)、低分子薬物のように挙動し、特定の疾患標的に結合するアプタマー、特定のタンパク質の発現をアップレギュレートするように設計されている、非常に長くなる可能性があるメッセンジャーRNA (mRNA) があげられます。それらの安定性およびin vivoでの細胞内への取り込みを増強するために、オリゴヌクレオチド治療薬はしばしば化学的に修飾されたヌクレオチドを組み込み、PEG化、または他の化学的部分にコンジュゲートされます。他の生物製剤と同様に、これらの分子の生物物理学的特性および純度は、規制要件を満たすために正確に理解され、制御されなければなりません。オリゴヌクレオチドは、主に自動化された固相合成プロセスによって生成されます。典型的な長さは20〜80ヌクレオチドになります（mRNAは例外的に1,500またはそれ以上のヌクレオチド長の可能性もあります）。用途に応じて、合成スケールはナノグラムからキログラムにわたります。合成プロセスは効率的ではありますが、純度における要求を満たすために分離、除去する必要がある不完全な配列および他のプロセス関連の副生成物/不純物が必ず生じてしまいます。

Watersは、ACQUITY UPLC技術と業界をリードするOligo Separation Technology (OST) カラム、そして高品質のMassPrep OST リファレンススタンダードを組み合わせることにより、極めて高いレベルのクロマトグラフィー性能をオリゴヌクレオチド分析にもたらします。

クロマトグラフィーの分離に続いて、お客様のニーズを満たすために、2つの目的に合わせた質量検出と分析オプションを提供します。

ACQUITY QDa 質量検出器ワークフローは、最も追加しやすく拡張性の高いソリューションです。より高いスループットが求められるオリゴヌクレオチドの同定と純度確認目的で、合成オリゴヌクレオチドサンプルのスクリーニングを行うお客様に最適です。

Xevo G2 XS QTofワークフローは、配列確認を含む詳細な生物物理学的特性評価作業の感度を大幅に向上させる高分解能のXevo G2 XS QTof装置を含む最も優れたソリューションです。

両ワークフローで、MassLynx MSソフトウェアを使用して装置制御とデータ取得を行い、MassLynxとシームレスに連携し、ノミナル質量データ (QDa) および高分解能データ (QTof) の両方のスペクトルデコンボリューション、標的の質量スクリーニング/オリゴヌクレオチド同定および不純物分析を含む完全な自動データ解析とレポート作成を可能にするために開発されたProMassとProMass-HRをNovatia社とのコラボレーションにより、提供しています。

オリゴヌクレオチド分析におけるワークフローと性能のメリットについては、次のプレゼンテーションをご覧ください。