Relever le défi de la sensibilité et de la perte d'échantillons

En tant que nouveau venu dans le domaine de la quantification des peptides et des protéines, venant du monde des petites molécules, j'ai appris que je devais penser différemment, et de manière plus créative, pour relever les défis de ces molécules. En tant que scientifiques ayant des objectifs de sensibilité des tests, nous devons parfois prendre des mesures supplémentaires pour nous assurer non seulement d'atteindre cet objectif, mais aussi de garantir la reproductibilité et la robustesse générale des méthodes que nous développons. Lorsque je réfléchis à ce défi, je trouve utile d'envisager le flux de travail du point de vue de mon échantillon.

Sur partie 1 Dans cette série de blogs, Caitlin Dunning a souligné à quel point il est facile de perdre son échantillon lors de sa manipulation et a évoqué les conséquences de l'inaction !

Moon Jung, dans partie 2a discuté de la liaison non spécifique, la principale cause de perte d'échantillons, et des avantages et inconvénients de l'utilisation d'approches traditionnelles telles que les agents bloquants et les protéines porteuses pour minimiser la perte d'échantillons.

Dans cette troisième partie de notre série de blogues, je vais vous expliquer pourquoi le choix du contenant de l'échantillon est si important pour minimiser la liaison non spécifique et vous assurer de ne pas perdre votre précieux échantillon. C'est un peu comme choisir la bonne chambre d'hôtel pour vos vacances ou votre séjour !

Existe-t-il un "hôtel peptide" ? Si oui, comment choisir le bon hôtel ?

Imaginez que vous ayez fait le plus gros du travail et préparé votre échantillon. Il est beau, propre et concentré : exempt d'interférences gênantes de la matrice et de contaminants indésirables de la colonne et du spectromètre de masse. Il va maintenant reposer dans un passeur d'échantillons LC-MS pendant quelques heures, voire 2 ou 3 jours si vous prévoyez de faire une grosse analyse pendant le week-end.

Dois-je m'inquiéter de la perte d'échantillon ? Est-ce que je vais perdre mon peptide à cause d'une liaison non spécifique dans la plaque ou le flacon d'échantillon ?

Le choix judicieux d'un récipient d'échantillon conçu pour réduire la liaison non spécifique peut être utile.

Où puis-je trouver des conteneurs d'échantillons qui présentent un faible avantage en termes de liaison, mais qui sont également optimaux pour le passeur d'échantillons du système LC-MS, tant au niveau du format que de l'objectif ? De tels récipients existent-ils au moins aujourd'hui ? Ce que je veux dire par là, c'est qu'avec les volumes totaux d'échantillons disponibles qui diminuent de plus en plus chaque jour, un flacon ou une plaque conçu(e) avec de faibles volumes d'échantillons résiduels est essentiel(le).

Cela m'amène à ma dernière question. La concentration de l'échantillon fait-elle une différence dans la liaison non spécifique ? Comme le mentionne Caitlin Dunning dans la première partie " Où est passé mon échantillon ? ". La NSB n'a pas seulement un impact sur notre capacité à atteindre nos cibles de sensibilité à des concentrations plus faibles. Elle peut également entraîner des problèmes de variabilité.

Lorsque nous comparons un récipient standard en polypropylène à un récipient doté d'une surface haute performance conçue pour réduire le NSB, nous constatons une grande différence de sensibilité pour 1 ng/mL de glucagon. Cependant, nous constatons également une différence lorsque nous effectuons la comparaison d'échantillons avec 100 ng/mL d'insuline bovine ! Le taux de perte peut varier en fonction de la durée de séjour de l'échantillon dans le récipient, ce qui entraîne une variabilité même à des concentrations plus élevées.

Défi accepté

La quantification des peptides et des protéines doit faire l'objet d'une attention particulière, notamment par rapport à l'analyse des petites molécules.

• La sélection de conteneurs d'échantillons conçus pour réduire les liaisons non spécifiques et conçus pour les passeurs d'échantillons LC-MS peut garantir que tout notre travail ne se perde pas dans les dernières heures avant la collecte des données.
• Même à des concentrations plus élevées, le récipient de l'échantillon peut avoir un impact sur la précision et la répétabilité.

Relevez ce défi grâce à notre Boot Camp PPQ et d'autres ressources !

Boot Camp sur la bioanalyse des peptides et des protéines

Oasis Peptide Bioanalysis Reference Cards

Oasis sample extraction product information

Restez à l'écoute pour le prochain blog de la série "Qu'ont en commun les grandes vacances et la bioanalyse des peptides ?" par Ian Edwards.

Consultez les autres blogs de cette série :

Où est passé mon échantillon ? Par Caitlin Dunning

Échantillons perdus dans le conteneur : Non-specific Binding and the Impact of Blocking Agents par Moon Chul Jung