A descoberta em proteômica ajuda os cientistas a entender os importantes papéis funcionais que essas macromoléculas complexas desempenham. A identificação exata de proteínas diferencialmente expressas em estados de doença pode ser potencialmente traduzida em biomarcadores funcionais. A proteômica também é um componente importante das abordagens de biologia de sistemas, e a análise multiômica ajuda a validar as descobertas para entender melhor os processos metabólicos e de sinalização.
Para entender com mais exatidão o proteoma, a Waters foi pioneira em estratégias de aquisição independente de dados (DIA, Data independente Acquisition) para melhorar a análise quantitativa de métodos proteômicos bottom-up não marcados, gerando espectros de fragmentos de peptídeos para todas as espécies detectáveis. Com as tecnologias de espectrometria de massas de alta resolução da Waters, os sistemas de cromatografia de alta capacidade de pico, o software Progenesis e os métodos DIA, seu laboratório pode se aprofundar ainda mais no proteoma.
Paper: Considerações sobre a seleção das fases estacionárias ideais para nanocromatografia de captura e eluição proteômica
Os sistemas LC-MS da Waters oferecem desempenho absoluto em separação e sensibilidade para rotinas de trabalho de descoberta em proteômica.
Combine a nova separação por mobilidade iônica cíclica com a espectrometria de massas de tempo de voo de alto desempenho de última geração com o SELECT SERIES Cyclic IMS para ampliar os benefícios da mobilidade iônica de rotina e obter separações variáveis de alta resolução.
Obtenha a máxima flexibilidade para apoiar a criatividade científica e o sucesso técnico para aplicações de metabolômica de descoberta com o SYNAPT XS, para desempenho analítico de ponta com SONAR e HDMSE para investigar misturas complexas.
Obtenha a sensibilidade da cromatografia líquida de micro e nanofluxo com a tecnologia UPLC ao equipar seu laboratório com o Sistema ACQUITY UPLC M-Class, que entrega a facilidade de uso de um sistema UPLC em escala analítica.
Otimize o processo de separação 2D-LC com o Sistema ACQUITY UPLC M-Class com Tecnologia 2D, que oferece uma configuração de método altamente intuitiva acionada por menu, recheios de separação padronizados e operação de válvula inteligente para melhor resolução cromatográfica de amostras proteômicas complexas.
Análise estatística multivariada dos dados proteômicos de alto rendimento. A análise não supervisionada de componentes principais (A) mostra uma clara separação entre os controles saudáveis e os indivíduos com câncer de mama. O mapa de calor correspondente (B) destaca regiões claras de expressão diferencial de proteínas entre as duas coortes. A sub e a superexpressão de ApoA2 e LRG1, respectivamente, são fornecidas como exemplos (C). Os gráficos box-whisker indicam diferenças significativas e conservação rigorosa dos dados em cada grupo.
Os íons de fragmentos que se sobrepõem na escala m/z, mas que exibem diferentes estados de carga (1+ e 2+), podem ser separados por IMS. Como pode ser visto, o íon carregado individualmente é muito menor no espectro sem melhoria de banda larga. Ao utilizar a WE, os íons de diferentes estados de carga podem ser extraídos, removendo efetivamente as interferências e, em seguida, ser identificados com mais confiança em pesquisas subsequentes no banco de dados.
Reprodutibilidade da cobertura de sequência para 12 proteínas de E. Coli, CVs de 5% são observados rotineiramente.
Visão geral de proteínas para as três coortes. O diagrama de Venn indica que a maioria das proteínas se sobrepõe entre as condições (A), enquanto os gráficos box-whisker mostram a reprodutibilidade técnica da técnica SONAR em termos de %CV (B) e cobertura da sequência de proteínas (C).
