RNases RapiZyme
Digestão de RNA ajustável para otimização do sequenciamento por LC-MS
O sgRNA e o mRNA de CRISPR (Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas, Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats), requerem caracterização rigorosa para confirmar sua identidade, sequências e pureza. Essas moléculas de RNA são as principais candidatas para análise por LC-MS devido à sua funcionalidade complexa, a modificações e variantes presentes. Devido ao seu tamanho, a digestão com uma endonuclease, como uma RNase, é frequentemente realizada antes da injeção. Os produtos de digestão resultantes podem ser prontamente detectados utilizando cromatografia de fase reversa de pareamento iônico (IP-RP, Ion-Pairing Reversed-Phase) ou cromatografia hidrofílica (HILIC, Hydrophilic Chromatography) juntamente com espectrometria de massas (MS, Mass Spectrometry).
A Waters RapiZyme MC1 e a RapiZyme Cusativin oferecem clivagem de RNA controlada e reprodutível em uma variedade de sítios de dinucleotídeos. As RNases RapiZyme produzem uma variedade de fragmentos de RNA únicos com sobreposição complementar. Para usuários de LC-MS, isso proporciona digestões ajustáveis que melhoram a confiança nas identificações de pico com um resultado que aumenta a cobertura de sequência e as percepções moleculares. Cada tubo inclui 10000 unidades de RNase RapiZyme, o que constitui reagente enzimático suficiente para completar até 100 reações de digestão de amostras de RNA de 10 µg.
- Alcance a cobertura de sequência máxima para mRNA e sgRNA
- Trabalhe com RNases projetadas especificamente para análise por LC-MS
- Elimine a necessidade de desnaturantes e inibidores de RNases ao realizar a digestão
- Alcance um sinal e uma sensibilidade melhores com produtos de fosfato cíclico
- Acelere o desenvolvimento e a análise de terapias de RNA
RNases RapiZyme
Especificações
Visão geral
- Aprimore os resultados com uma cobertura de sequência mais completa para caracterização de RNA por LC-MS
- Melhore a eficiência com reagentes enzimáticos extremamente ativos e de alta pureza de até 100 reações, dependendo do substrato
- Simplifique sua análise utilizando um protocolo pronto para automatizar a digestão
- Evite a digestão excessiva e a contaminação do equipamento/coluna com uma inativação por calor confiável que não requer reagentes inibidores adicionais
- Concentre-se em resíduos de uridina ou citidina utilizando duas especificidades enzimáticas
- Maximize a sensibilidade e simplifique a interpretação de dados com propriedades de digestão de enzimas integradas ao aplicativo waters_connect MAP Sequence
- Associe-as com o aditivo de fase móvel HFIP IonHance para reduzir em 2x adutos indesejados de sódio e potássio
Uso recomendado: Para melhor cobertura de sequência em terapias de sgRNA e mRNA de CRISPR (Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas, Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats).
A busca pela digestão
A RapiZyme MC1 e a RapiZyme Cusativin têm especificidades de clivagem reprodutíveis. Substratos de RNA suprimidos e duplamente marcados foram aplicados para estudar a RapiZyme MC1 e a RapiZyme Cusativin. Após a clivagem pela RNase, um substrato de teste marcado com FAM é separado do seu conjugado Black Hole Quencher. O evento de digestão é então detectado utilizando técnicas baseadas em absorbância, fornecendo uma medição quantitativa para a clivagem no alvo. Além disso, um substrato marcado com HEX de controle negativo (por exemplo, poli-A) é aplicado para avaliar a clivagem fora do alvo. A relação de FAM/HEX fornece percepções sobre a atividade de cada enzima e pode ser realizada sob várias condições, incluindo temperatura, pH, composição do tampão, unidades enzimáticas e tempo. Essas análises foram realizadas para determinar as condições ideais de reação para a RapiZyme Cusativin e a RapiZyme MC1.
Vamos ser mais específicos
A RapiZyme MC1 e a RapiZyme Cusativin são RNases extremamente ativas e de alta pureza que oferecem especificidades de clivagem complementares. Essas enzimas ajustáveis e recombinantes foram projetadas para acelerar o desenvolvimento e a análise de terapias de RNA facilitando a digestão controlada de oligonucleotídeos sintéticos, mRNA e sgRNA. A RapiZyme MC1 demonstra suas taxas de digestão mais seletivas e eficientes em ligações de dinucleotídeos [A/U/C]pU em pH 8, enquanto a RapiZyme Cusativin faz uma clivagem mais eficiente e seletiva em sequências de dinucleotídeos Cp[U/A/G] em pH 9. Parâmetros como temperatura, pH e a relação enzima-substrato podem ser alterados para otimizar os efeitos específicos da amostra.
Cuide de todos os aspectos
A RapiZyme MC1 e a RapiZyme Cusativin demonstram uma preferência por encaixe de substrato e clivagem em locais específicos de dinucleotídeos. A RapiZyme MC1 tem uma tendência a fazer clivagens na extremidade 5' da uridina, e a RapiZyme Cusativin na extremidade 3' da citidina. Ambas as enzimas apresentam produtos de clivagem controlados e reprodutíveis. A natureza idiossincrática dessas RNases resulta em uma digestão parcial, gerando produtos mais longos, além de fragmentos únicos e sobrepostos. A digestão parcial, por fornecer uma grande variedade de informações, cria fragmentos mais diversos para investigar a elucidação estrutural. A interpretação dos dados pode ser acelerada com ferramentas de análise de dados, como o waters_connect MAP Sequence, que prevê fragmentos in silico (mRNA Cleaver) com base nas propriedades conhecidas de clivagem da enzima escolhida e mapeia os dados observados para a sequência da molécula de RNA sendo investigada.
Recursos
Documentos
Suporte
O que deseja fazer?
