RapiZyme RNase
合理化された LC-MS シーケンシングのための調整可能な RNA 消化
CRISPR sgRNA および mRNA は、そのアイデンティティー、配列、純度を確認するために厳しい特性解析を必要とします。これらの RNA 分子は、その複雑な機能、修飾、バリアントの存在のために、LC-MS 分析の最有力候補です。そのサイズのため、多くの場合、注入の前に RNase などのエンドヌクレアーゼを用いて消化を行います。得られる消化産物は、質量分析（MS）と組み合わせたイオン対逆相（IPRP）クロマトグラフィーまたは親水性クロマトグラフィー（HILIC）により容易に検出できます。
Waters RapiZyme MC1 および RapiZyme クサチビンにより、さまざまなジヌクレオチド部位で、制御された再現性のある RNA 切断を行えます。RapiZyme RNase により、補完的なオーバーラップを持つさまざまな独特の RNA フラグメントが生成します。LC-MS ユーザーの場合、これによって調整可能な消化を行え、ピーク同定の信頼性が向上して、結果としてシーケンスカバレッジと分子に関する情報が増加します。各チューブに 10,000 ユニットの RapiZyme RNase が入っていますが、これは 10 µg RNA サンプルの消化反応を最大 100 回行うのに十分な酵素試薬量です。
- mRNA および sgRNA について最大のシーケンスカバレッジが得られる
- LC-MS 分析専用に設計された RNase を使用
- 変性剤や RNase 阻害剤が不要な消化
- 環状リン酸生成物に対してよりきれいなシグナルと高感度を得る
- RNA 医薬品の開発および分析の加速
RapiZyme RNase
仕様
概要
- RNA の LC-MS 特性解析において、より完全なシーケンスカバレッジにより結果を向上
- 高純度で高活性の酵素試薬を使用することで、効率が向上（基質によって最大 100 回反応分）
- すぐに自動化できるプロトコルを消化に使用して分析を簡素化
- 追加の阻害試薬が不要な、信頼性の高い熱不活性化により、消化過剰および装置/カラムの汚染を回避
- 2 種類の酵素の特異性を活用してウリジン残基またはシチジン残基をターゲットにする
- waters_connect MAP Sequence 内で統合された酵素消化特性を使用して、感度を最大化し、データ解析を簡素化
- IonHance HFIP 移動相添加剤を併用して、望ましくないナトリウム付加イオンおよびカリウム付加イオンを 2 分の 1 に低減
推奨用途：CRISPR sgRNA 医薬品および mRNA 医薬品のシーケンスカバレッジの向上。
消化のための探求
RapiZyme MC1 および RapiZyme クサチビンは、再現性のある切断特異性を示します。ダブル標識クエンチ RNA 基質が、RapiZyme MC1 および RapiZyme クサチビンの研究に適用されてきました。FAM 標識試験基質は、RNase によって切断されると、そのブラックホールクエンチャー複合体から分離されます。次に、消化イベントを吸光度に基づく手法で検出し、オンターゲット切断の定量的測定が行えます。さらにネガティブコントロールの HEX 標識基質（ポリ A など）を適用して、オフターゲット切断を評価します。FAM/HEX 比から、各酵素の活性に関する情報が得られ、温度、pH、バッファー組成、酵素単位、時間などについてさまざまな条件で実行できます。このような分析を行って、RapiZyme クサチビンと RapiZyme MC1 の最適反応条件を決定しました。
特異性を得る
RapiZyme MC1 および RapiZyme クサチビンは、補完的な切断特異性を示す高純度で高活性の RNase です。これらの調整可能な組換え酵素により、合成オリゴヌクレオチド、mRNA、sgRNA の制御された消化が促進されて、RNA 医薬品の開発および分析が加速するように設計されています。RapiZyme MC1 は、pH 8 で [A/U/C]pU ジヌクレオチド結合に対して最も選択的で効率的な消化率を示し、RapiZyme クサチビンは、pH 9 で Cp[U/A/G] ジヌクレオチド配列を最も効率的かつ選択的に切断します。温度、pH、酵素基質比などのパラメーターは、サンプル固有の影響に則して最適化するように変更できます。
塩基をカバー
RapiZyme MC1 および RapiZyme クサチビンは、特定のジヌクレオチドの位置における基質結合および切断に対する優先性を示します。RapiZyme MC1 はウリジンの 5' 末端で、RapiZyme クサチビンはシチジンの 3' 末端で切断する傾向があります。両方の酵素とも、制御された再現性のある切断生成物が得られます。これらの RNase の特異な性質により、部分消化が起きて、独特のオーバーラップするフラグメントに加えて、より長い生成物が生成します。部分消化により、大量の情報が得られ、より多様なフラグメントが生成して構造解析に用いることができます。データの解釈は、選択した酵素の既知の切断特性に基づいて in silico フラグメントを予測し（mRNA Cleaver）、実測データを調査対象の RNA 分子の配列にマッピングする waters_connect MAP Sequence などのインフォマティクスツールを使用して迅速に行うことができます。
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