RapiZyme RNase
간소화된 LC-MS 시퀀싱을 위해 조정 가능한 RNA 분해
CRISPR sgRNA 및 mRNA를 식별하고 그 시퀀스와 순도를 확인하기 위해서는 면밀한 특성화가 필요합니다. 이러한 RNA 분자는 복잡한 기능, 변형 및 변이체가 존재하기 때문에 LC-MS 분석의 주요 후보물질입니다. 이러한 분자는 그 크기로 인해 주입 전에 RNase와 같은 엔도뉴클레아제를 이용해 분해시키는 경우가 많습니다. 최종 분해 생성물은 이온 페어링 역상(IPRP) 또는 친수성 크로마토그래피(HILIC)와 질량 분석법(MS)을 결합하여 쉽게 검출할 수 있습니다.
Waters의 RapiZyme MC1 및 RapiZyme Cusativin은 다양한 디뉴클레오타이드 부위에서 제어 가능하며 재현성 있는 RNA 절단을 가능하게 합니다. RapiZyme RNase는 다양한 고유의 RNA 조각을 생성하며, 이들 RNA 조각에는 상호 보완적으로 겹치는 부분이 포함됩니다. 이러한 특성은 LC-MS 사용자가 분해를 조절할 수 있도록 하여 피크 식별의 신뢰도를 높이며 sequence coverage와 분자에 대한 인사이트를 향상시키는 역할을 합니다. 각 튜브에는 10,000 유닛의 RapiZyme RNase가 포함되어 있으며, 이는 10µg의 RNA 샘플에 대해 최대 100회의 분해 반응을 완료할 수 있는 충분한 양의 효소 시약에 해당합니다.
- mRNA 및 sgRNA에 대한 최대의 sequence coverage 달성
- LC-MS 분석을 위해 특별히 설계된 RNase로 분석 수행
- 분해 수행 시 변성제 및 RNases 억제제가 필요하지 않음
- 사이클릭 인산염 생성물을 통해 더 깨끗한 시그널과 감도를 달성
- RNA 치료제의 개발 및 분석을 가속
RapiZyme RNase
사양
개요
- RNA의 LC-MS 특성화를 위한 보다 포괄적인 sequence coverage로 고품질의 데이터를 제공
- 기질에 따라 최대 100회의 반응이 가능한 고순도, 고활성 효소 시약으로 효율성을 개선
- 즉시 사용할 수 있는 자동화된 분해 프로토콜을 통해 분석을 간소화
- 추가적인 억제 시약이 필요 없는 안정적인 열 비활성화로 과도한 분해와 기기 및 컬럼 오염을 방지
- 두 가지의 효소 특이성을 바탕으로 유리딘 또는 사이티딘 잔기를 표적으로 함
- waters_connect MAP Sequence에 통합된 효소 분해 속성을 통해 감도를 향상시키고 데이터 해석을 간소화
- IonHance HFIP 이동상 첨가제와 함께 사용하여 원치 않는 나트륨 및 칼륨 부가물을 2배 감소
권장 용도: CRISPR sgRNA 및 mRNA 치료제에 대한 sequence coverage를 개선하기 위해 사용합니다.
분해에 대한 탐구
RapiZyme MC1 및 RapiZyme Cusativin은 재현 가능한 절단 특이성을 가집니다. RapiZyme MC1 및 RapiZyme Cusativin의 연구에는 이중 표지 및 퀀칭된 RNA 기질이 적용되었습니다. RNase에 의해 절단되면, FAM으로 표지된 테스트 기질이 Black Hole Quencher 결합체로부터 분리됩니다. 그러면 흡광도 기반 기술을 통해 분해 이벤트가 검출되며, 표적 부분의 절단에 대해 정량적 측정을 수행할 수 있습니다. 음성 대조군으로서 HEX로 표지된 기질(예: polyA)을 추가로 적용하여 표적 외 부분의 절단을 평가합니다. FAM/HEX 비율에 의한 분석은 각 효소의 활성에 대한 인사이트를 제공하며 온도, pH, 완충액 조성, 효소 단위 및 시간을 포함한 다양한 조건에서 수행할 수 있습니다. RapiZyme Cusativin 및 RapiZyme MC1에 대한 최적의 반응 조건을 결정하기 위해 이러한 분석을 수행하였습니다.
자세히 살펴보기
RapiZyme MC1 및 RapiZyme Cusativin은 상호 보완적인 절단 특이성을 제공하는 고순도, 고활성의 RNase입니다. 조절 가능한 재조합 효소로서 합성 올리고뉴클레오타이드, mRNA, sgRNA의 제어된 분해를 촉진하여 RNA 치료제의 개발 및 분석을 가속하도록 설계되었습니다. RapiZyme MC1은 pH 8에서 [A/U/C]pU 디뉴클레오타이드 결합에 대해 가장 선택적이고 효율적인 분해 속도를 나타내는 반면, RapiZyme Cusativin은 pH 9에서 Cp[U/A/G] 디뉴클레오타이드 시퀀스에 대해 효율적이고 선택적인 절단을 수행합니다. 샘플에 따른 효과를 최적화하기 위해 온도, pH, 효소 대 기질 비율과 같은 매개 변수를 변경할 수 있습니다.
베이스를 커버
RapiZyme MC1 및 RapiZyme Cusativin은 특정 디뉴클레오타이드 위치에서 우선적으로 기질 도킹 및 절단을 수행합니다. RapiZyme MC1은 유리딘의 5' 말단에서, RapiZyme Cusativin은 사이티딘의 3' 말단에서 절단을 수행하는 경향이 있습니다. 두 효소 모두 제어 및 반복이 가능한 절단 생성물을 보입니다. RNase의 이러한 특이성으로 인해 부분적인 분해가 발생하며, 이에 따라 고유하면서 겹치는 조각 외에 더 긴 생성물도 생성됩니다. 부분적 분해를 통해 다양한 정보가 제공되며, 구조 분석을 위해 더욱 다양한 조각을 생성합니다. waters_connect MAP Sequence와 같은 인포매틱스 도구를 사용하면 데이터 해석을 신속하게 진행할 수 있습니다. 이러한 도구는 선택된 효소의 알려진 절단 속성을 기반으로 in silico 조각(mRNA 절단)을 예측할 수 있으며, 관찰된 데이터를 조사 중인 RNA 분자의 시퀀스에 맵핑합니다.
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