RapiZyme RNases
Digestión de ARN ajustable para la secuenciación optimizada de LC-MS
Los sgRNA y mRNA de CRISPR requieren una caracterización exhaustiva para confirmar su identidad, secuencias y pureza. Estas moléculas de ARN son las principales candidatas para el análisis de LC-MS por su compleja funcionalidad, modificaciones y variantes presentes. Debido a su tamaño, la digestión con una endonucleasa, como una ARNasa, suele realizarse antes de la inyección. Los productos de la digestión resultantes se pueden detectar fácilmente mediante cromatografía de fase reversa con par iónico (IPRP) o cromatografía hidrofílica (HILIC) con espectrometría de masas (MS).
RapiZyme MC1 y RapiZyme Cusativin de Waters ofrecen una escisión de ARN controlada y reproducible en una variedad de sitios de dinucleótidos. RapiZyme RNases producen una variedad de fragmentos de ARN únicos con superposición complementaria. Para los usuarios de LC-MS, esto proporciona digestiones ajustables que mejoran la confianza en la identificación de los picos, con el resultado de aumentar la cobertura de la secuencia y los conocimientos moleculares. Cada tubo incluye 10 000 unidades de RapiZyme RNases, que es suficiente reactivo enzimático para completar hasta 100 reacciones de digestión de muestras de ARN de 10 µg.
- Logre la máxima cobertura de la secuencia para ARNm y ARNsg
- Trabaje con ARNasas diseñadas específicamente para el análisis de LC-MS
- Elimine la necesidad de utilizar desnaturalizantes e inhibidores de ARNasa al realizar la digestión
- Logre una sensibilidad y señal más limpias con productos de fosfato cíclico
- Acelere el desarrollo y el análisis de terapias de ARN
RapiZyme RNases
Especificaciones
Descripción general
- Mejore los resultados con una cobertura de secuencia más completa para la caracterización de ARN por LC-MS
- Mejore la eficacia con reactivos enzimáticos altamente activos y de alta pureza para hasta 100 reacciones, dependiendo del sustrato
- Simplifique el análisis con un protocolo de digestión listo para automatizar
- Evite la digestión excesiva y la contaminación del instrumento/columna con una inactivación térmica fiable que no requiere reactivos inhibidores adicionales
- Aborde los residuos de uridina o citidina utilizando dos especificidades enzimáticas
- Maximice la sensibilidad y simplifique la interpretación de datos con las propiedades de digestión enzimática integradas en waters_connect MAP Sequence
- Realice una combinación con el aditivo de fase móvil IonHance HFIP para reducir al doble los aductos de sodio y potasio no deseados
Uso recomendado: Para mejorar la cobertura de secuencias para las terapias de ARNm y sgRNA CRISPR.
Una búsqueda para digerir
RapiZyme MC1 y RapiZyme Cusativin tienen especificidades de escisión reproducibles. Se han aplicado sustratos de ARN desactivados doblemente marcados para estudiar RapiZyme MC1 y RapiZyme Cusativin. Tras la escisión por la ARNasa, un sustrato de análisis marcado con FAM se separa de su conjugado de Black Hole Quencher. A continuación, el evento de digestión se detecta utilizando técnicas basadas en la absorbancia que proporcionan una medición cuantitativa para la escisión en el objetivo. Un sustrato marcado con HEX de control negativo (p .ej. polyA) se aplica adicionalmente para evaluar la escisión fuera del objetivo. La relación de FAM/HEX proporciona información sobre la actividad de cada enzima y se puede determinar en diversas condiciones, como temperatura, pH, composición del tampón, unidades de enzima y tiempo. Estos análisis se realizaron para determinar las condiciones de reacción óptimas para RapiZyme Cusativin y RapiZyme MC1.
Seamos específicos
RapiZyme MC1 y RapiZyme Cusativin son ARNasas altamente activas y de alta pureza que ofrecen especificidades de escisión complementarias. Estas enzimas recombinantes ajustables están diseñadas para acelerar el desarrollo y el análisis de compuestos terapéuticos de ARN al facilitar la digestión controlada de oligonucleótidos sintéticos, ARNm y ARNsg. RapiZyme MC1 muestra sus velocidades de digestión más selectivas y eficientes en los enlaces dinucleótidos [A/U/C]pU a pH 8, mientras que RapiZyme Cusativin escinde de manera más eficiente y selectiva en las secuencias de dinucleótidos Cp[U/A/G] a pH 9. Parámetros como la temperatura, el pH y la relación enzima/sustrato pueden modificarse para optimizar los efectos específicos de la muestra.
Cubra sus bases
RapiZyme MC1 y RapiZyme Cusativin muestran preferencia por el acoplamiento y la escisión del sustrato en ubicaciones específicas de dinucleótidos. RapiZyme MC1 tiene tendencia a escindirse en el extremo 5' de la uridina y RapiZyme Cusativin en el extremo 3' de la citidina. Ambas enzimas muestran productos de escisión controlados y repetibles. La naturaleza idiosincrásica de estas ARNasas da como resultado una digestión parcial, generando productos más largos, además de fragmentos únicos y superpuestos. La digestión parcial, que proporciona una gran cantidad de información, crea fragmentos más diversos para investigar la elucidación estructural. La interpretación de los datos se puede acelerar con herramientas informáticas como waters_connect MAP Sequence, que predice fragmentos in silico (mRNA Cleaver) en función de las propiedades de escisión conocidas de la enzima elegida y asigna los datos observados a la secuencia de la molécula de ARN que se está investigando.
