離子對逆相(IPRP)層析是用於合成寡核苷酸表徵分析和不純物分析的理想方法。相較於包括陰離子交換(AEX)、HILIC及SEC在內的任何其他層析技術，這個方法更能協助科學家解析合成及製程相關不純物。這項技術也有其難度。有很多因素可以直接影響分離效能和再現性，包括離子對試劑的純度和穩定性、對層析硬體的非特異性吸附，以及吸附劑的批次間差異。IPRP需靠高pH值和高溫條件才能展現理想的分離效果，因此，管柱材料必須能耐受高pH值和高溫。
Waters寡核苷酸逆相管柱具以下特點，能提高分析結果的可信度：
核酸（包括寡核苷酸）是聚陰離子（帶負電荷），很容易吸附於不鏽鋼管柱的金屬氧化物表面。Waters MaxPeak Premier寡核苷酸分析管柱採用惰性雜化有機/無機矽膠表面化學材料，能消除絕大部分的核酸NSA，因而能提高靈敏度、再現性和生產力。 Waters支援實驗室省去耗時的分析前管柱鈍化與樣品活化步驟。
合成寡核苷酸的IP-RP層析分離能依據大小、電荷和疏水性的細微變化解析樣品成分。Waters ACQUITY（UPLC：1.7 µm粒徑大小）和XBridge（HPLC/UHPLC：2.5 µm粒徑大小）Premier BEH C18寡核苷酸分析管柱能發揮優異的寡核苷酸樣品解析度、靈敏度和再現性。
Waters ACQUITY和XBridge Premier寡核苷酸分析管柱填充Waters BEH（乙烯架橋雜化）C18雜化矽膠顆粒，在高pH值和高溫條件下，不但管柱使用壽命長，分離效能也十分出色。
寡核苷酸和較長的核酸會表現出強烈的鍵結/解離與沖提機制，因此相當適合「彈道式梯度」和超快速分離，能提升高通量檢測實驗室的生產力。Waters ACQUITY Premier BEH C18 2.1 x 20 mm寡核苷酸分析管柱分130 Å和300 Å兩種孔隙，分別能針對短鏈寡核苷酸(10–40 nt)和長鏈寡核苷酸(> 40 nt)進行超快速分離。
ACQUITY (1.7 µm)和XBridge (2.5 µm) Premier寡核苷酸分析管柱皆提供130 Å和300 Å兩種孔隙大小，因寡核苷酸長度而異，滯留性和峰型清晰度也各有不同。130 Å孔隙大小顆粒的表面積加大，用於短鏈(< ~40 mer)寡核苷酸能發揮更好的滯留性和解析度；而300 Å孔隙大小顆粒則能讓較長鏈(> ~40 mer)的寡核苷酸擴散成效更好、解析度更高。
使用ACQUITY Premier BEH C18 300 Å寡核苷酸分析管柱連續四次進樣3 µL的Duplex C (0.40 mg/mL)。
25 mg純化分析的餾分純度測定。
以點圖格式呈現高能量MSE非標靶碎裂產生的完整(100%)序列覆蓋率。
使用ACQUITY Premier 2.1 x 20 mm寡核甘酸分析超短管柱，在F = 1.5 mL/min及T = 70 °C的條件下以1.33分鐘的凹型（對數）梯度分析得到的實驗層析圖。
