Le tecniche di ionizzazione sono state sviluppate per agevolare l’identificazione delle biomolecole anziché per ridurre in modo aggressivo le molecole a componenti. Due processi di “deposizione a energia”, dissociazione a cattura di elettroni (ECD) [R.A. Zubarev, Electron-capture dissociation tandem mass spectrometry, Curr. Opin. Biotechnol 15 (2004), pp. 12–16] and electron-transfer dissociation (ETD) [J.J. Coon, J. Shabanowitz, D.F. Hunt and J.E. Syka, Electron transfer dissociation of peptide anions, J. Am. Soc. Mass Spectrom 16 (2005), pp. 880-882] sono comunemente riconosciuti nell’analisi biomolecolare e nella proteomica. Entrambi scindono i legami adiacenti ai siti di cattura degli elettroni e, a differenza di altri processi di frammentazione, come la dissociazione indotta per collisione (CID), i legami scissi non sono i più labili all’interno della molecola. Le scissioni osservate dipendono meno dalla sequenza peptidica, quindi le scissioni tra la maggior parte degli amminoacidi nella struttura portante peptidica tendono a essere indipendenti dalle dimensioni della molecola. La frammentazione dominante nei peptidi ECD ed ETD è la formazione di ioni c e z. L’ECD si è dimostrato utile per l’analisi di modificazioni labili post-traduzionali quali la fosforilazione e la O-glicosilazione e per l’analisi di frammentazione di proteine intatte.
È stato dimostrato che la spettrometria di massa a ionizzazione per elettronebulizzazione (ESI) è di ulteriore aiuto nella determinazione dei dettagli strutturali delle proteine in soluzione accoppiate all’analisi di scambio ammidico idrogeno/deuterio (H/D). Le distribuzioni dello stato di carica e gli inviluppi delle forme di carica ESI sulle proteine possono fornire informazioni sulle conformazioni in soluzione di proteine più grandi con quantità minori di campione non facilmente eseguibili utilizzando altre tecniche come il dicroismo circolare nel vicino ultravioletto (CD) e la fluorescenza del triptofano (tuttavia è in genere utilizzato in combinazione con queste tecniche e altre come la risonanza magnetica nucleare). Le altre tecniche misurano le proprietà medie di grandi popolazioni di proteine in soluzione, quindi un ulteriore vantaggio osservato con la MS è la sua capacità di fornire dettagli strutturali su intermedi transitori o di ripiegamento.
