Approcci Pratici all'Isolamento dei Peptidi

Splitter attivo

Dispositivo utilizzato per gestire il segnale del rivelatore di spettrometria di massa campionando il flusso preparativo con un rapporto di split definito come programmato dall'utilizzatore. Il campione viene diluito e trasferito ai rivelatori con un solvente di reintegro.

Diluizione in colonna

Tecnica di iniezione brevettata che incrementa la capacità di massa, migliora la risoluzione, aumenta la durata della colonna e migliora la robustezza del sistema LC diluendo il campione in un solvente forte in testa alla colonna.

Massa media

 Massa di uno ione o di una molecola ponderata per la sua composizione isotopica.

Centroide

Dati continui elaborati in modo da visualizzare un singolo punto di dati centrato per ogni distribuzione di ioni in uno spettro di massa, visualizzati come barre nello spettro di massa.

Stato della carica

Gli spettrometri di massa funzionano in base al rapporto massa-carica (m/z), in cui z è lo stato della carica. Calcolato dividendo 1 Da, la differenza di massa teorica tra gli isotopi, per la differenza di massa effettiva tra gli isotopi della molecola.
carica singola m/z = (M+H)/1
carica doppia m/z = (M+2H)/2
carica n m/z = (M+nH)/n
I picchi isotopici di ioni a carica n sono separati da 1/n Da (per esempio, i picchi isotopici di ioni a carica doppia sono separati da 0,5 Da). La carica multipla estende l'intervallo di massa dello spettrometro di massa.

Cromoforo

Gruppo molecolare che assorbe la luce a una determinata frequenza.

Volume della colonna

Volume all'interno del corpo della colonna.

Dati continui

Profilo completo della distribuzione di tutti i segnali presenti in uno spettro di massa.

Clivaggio

Rimozione del peptide dalla resina nella sintesi peptidica in fase solida.

Volume di ritardo

Volume dal punto di miscelazione di gradiente alla testa della colonna in un'analisi cromatografica.

Deprotezione

Rimozione dei gruppi protettivi delle catene laterali degli amminoacidi. Anche la rimozione dei gruppi protettivi peptidici N-terminali nella sintesi peptidica in fase solida.

Volume di sosta

Uguale a volume del sistema.

Ionizzazione per elettronebulizzazione

Tecnica di ionizzazione atmosferica che produce frammentazioni minime, utile per analizzare composti polari e biomolecole.

Gradiente focalizzato

Gradienti che hanno come target solo il prodotto incrementando rapidamente la forza del solvente dalle basse concentrazioni utilizzate per il caricamento del campione a circa il 5% al di sotto del punto di eluizione previsto per il picco del prodotto. Per i peptidi, la migliore analisi del segmento superficiale del gradiente avviene con una variazione pari a circa lo 0,25–0,33% per volume di colonna. Una volta eluito il prodotto peptidico, la colonna viene lavata con un'alta percentuale di solvente organico e quindi riequilibrata alle condizioni iniziali.

Indice HPLC

Predice la percentuale di acetonitrile richiesta per eluire il peptide da una colonna C₁₈ µBondapak utilizzando TFA:acqua:acetonitrile come sistema di tamponi, come descritto da Browne, Bennet e Solomon.

Idrofobico

Che non tende a dissolversi, mescolarsi o essere bagnato dall'acqua.

Cromatografia a scambio ionico

Separazione di composti utilizzando colonne con funzionalità caricate legate alla loro superficie.

Ionizzazione

Processo mediante il quale una molecola ottiene una carica elettrica acquistando o perdendo elettroni.

Isocratica

Cromatografia in cui la composizione della fase mobile rimane costante nel corso della separazione.

Gradiente lineare

Metodo di separazione che modifica la composizione della fase mobile in un periodo di tempo definito.

Caricamento

Quantità di composto che può essere applicata a una colonna di dimensioni specifiche.

Solvente di reintegro

Solvente utilizzato per diluire e trasferire il campione suddiviso dal flusso di preparazione ai rivelatori in un sistema di purificazione guidato dalla massa.

Capacità di massa

Carico della massa; direttamente proporzionale al volume della colonna.

Fase mobile

Solventi utilizzati per eluire i composti da una colonna.

Modificatore di fase mobile

Additivi miscelati ai solventi cromatografici per migliorare la separazione.

Massa monoisotopica

Massa calcolata utilizzando gli isotopi più abbondanti di ciascun elemento nella molecola.

Splitter passivo

Dispositivo utilizzato per campionare in modo continuo il flusso di preparazione con un rapporto di split definito; gestisce il segnale del rivelatore nella purificazione guidata dalla massa.

Risoluzione

Ampiezza di due picchi rispetto alla distanza tra tali picchi.

Cromatografia in fase inversa

Metodo di separazione in cui la fase mobile è più polare del materiale di impaccamento. I composti vengono separati in base alla loro interazione con la fase stazionaria non polare.

Scala

Mantenimento della separazione al momento del trasferimento da una colonna piccola a una grande o viceversa.

Gradiente segmentato

Metodo di separazione che mantiene la pendenza prima e dopo una porzione bassa e focalizzata del gradiente, preservando in tal modo il profilo cromatografico per queste parti della separazione.

Gradiente basso

Metodo di separazione in cui la velocità di variazione della concentrazione di solvente organico per volume della colonna è bassa.

Gruppo di protezione della catena laterale

Molecole organiche legate alle catene laterali di amminoacidi per evitare che le catene laterali reagiscano con altre molecole durante la sintesi peptidica.

Silanolo

Gruppo chimico situato sul materiale di impaccamento della colonna con substrato di silice, disponibile per l'interazione con il campione.

Cromatografia in size-exclusion

Separazione dei composti in base alla loro dimensione in soluzione.

Pendenza

Velocità di variazione nella composizione del solvente organico per volume della colonna durante una separazione in gradiente.

Sintesi peptidica in fase solida

Processo mediante il quale viene costruito un peptide aggiungendo in sequenza amminoacidi a una catena in crescita con il primo amminoacido C-terminale collegato a un supporto solido.

Sintesi peptidica in fase in soluzione

Processo mediante il quale vengono prodotti peptidi in soluzione con reazioni di sintesi organica. Brevi segmenti peptidici possono essere condensati in modo da formare lunghe sequenze peptidiche.

Rapporto di split

Quantità di materiale continuamente "rimosso" e diluito dal flusso del campione prima del trasferimento ai rivelatori durante la purificazione guidata dalla massa.

Volume del sistema

Uguale al volume di sosta e al volume di ritardo.