Progenesis QI
Rivelazione di composti soggetti a variazioni significative nei campioni
Il software Progenesis QI consente di quantificare e identificare in modo accurato i composti che cambiano in modo significativo nei campioni, grazie a un workflow estremamente intuitivo guidato da menu. Il software Progenesis QI consente di superare le difficoltà dell’analisi dei dati, consentendo di rivelare in modo rapido, obiettivo e affidabile composti di interesse ed esportare i risultati per le applicazioni di ricerca omica.
Progenesis QI è indipendente dalla piattaforma strumentale e supporta formati universali quali .mzML e .mzXML. Per ottenere maggiori informazioni su Progenesis QI, visita il sito www.nonlinear.com.
Progenesis QI
Panoramica
- Ricerca dei dati dei composti in modo flessibile utilizzando LipidBlast, ChemSpider, Elemental Composition, Metlin o il metodo di ricerca Waters MetaScope
- Riduzione degli ID falsi positivi utilizzando più parametri di ricerca: massa esatta, frammenti MS/MS, distribuzione degli isotopi, RT e CCS
- Importazione dei risultati dell'identificazione, incluse le strutture chimiche dai database SDF e i collegamenti web integrati ai dettagli dei composti
- Ricerca rapida di composti che cambiano in modo significativo, per esempio p-value Anova, fold-change, potenza
- Visualizzazione dell'abbondanza relativa dei composti utilizzando i grafici del profilo di abbondanza dei composti
- Semplice integrazione dei risultati con altre piattaforme di bioinformatica con opzioni complete di esportazione dei dati
- Revisione e modifica della deconvoluzione dei composti addotti utilizzata per quantificare e identificare un composto
Uso consigliato: per la rivelazione rapida, obiettiva e affidabile di composti di interesse nell'analisi dei dati LC-MS.
Caratteristiche
Sbloccate dati complessi con un’efficace visualizzazione
Una delle caratteristiche principali di Progenesis QI è la visualizzazione di dati ottimale a livello grafico che consente agli utilizzatori una visualizzazione e una comprensione completa dei dati, rendendo più affidabili le misurazioni effettuate. Le mappe di intensità ioniche contenenti una rappresentazione 2D del tempo di ritenzione cromatografico, di m/z e dell'intensità così come la visualizzazione dei dati cromatografici ed MS, assicurano la qualità dell'allineamento automatico, della selezione dei picchi e della deconvoluzione dei composti addotti per ogni campione.
Quantificazione estremamente accurata dei composti
Progenesis QI fornisce misure accurate e precise dei composti in base alla somma delle intensità ioniche. La deconvoluzione dei composti addotti viene eseguita automaticamente per garantire una quantificazione accurata da tutti i dati disponibili. Successivamente, è possibile identificare i composti che presentano variazioni di abbondanza statisticamente significative tra i gruppi. È anche possibile esplorare un ingente numero di campioni proveniente da più gruppi, insieme a molteplici progettazioni di confronto all'interno di un singolo esperimento. Il risultato è un elenco di composti di interesse per un'ulteriore caratterizzazione.
Identificazione dei composti affidabile con più parametri di ricerca
Progenesis QI permette agli utilizzatori di eseguire la ricerca mirata all'identificazione dei composti non soltanto in base alla massa della specie neutra, alla distribuzione isotopica e al tempo di ritenzione cromatografico, ma anche utilizzando i dati di frammenti MS/MS e le misurazioni dell'area della sezione trasversale di collisione (CSS) con il nuovo motore di ricerca Waters Metascope. Utilizzando molteplici parametri la ricerca nel database migliora notevolmente la specificità della ricerca e incrementa la probabilità di una corretta identificazione dei composti.
Ricerca più semplice di composti di interesse
L'identificazione dei composti è ancora uno dei principali colli di bottiglia negli esperimenti omici con piccole molecole, per questo offriamo una vasta gamma di database per incrementare le possibilità di trovare il composto d'interesse. I metodi di ricerca dei composti flessibili includono:
- Qualsiasi database in formato SDF
- Database interni in formato CSV
- Database Metlin
- Database Royal Society of Chemistry mediante plug-in Chemspider
- Database Lipidblast
- Librerie NIST per MS e MS/MS
È anche possibile trovare composti di interesse tramite strumenti statistici inclusi nel Progenesis QI, tra cui:
- ANOVA
- Analisi dei componenti principali (PCA)
- Clustering gerarchico
È inoltre possibile sfruttare le statistiche avanzate tramite la perfetta integrazione con EZInfo 3.0 (Umetrics) per accedere a funzioni quali analisi supervisionate e s-plot.
Riduzione dei colli di bottiglia e semplificazione dei workflow
Il workflow basato sul menu di Progenesis QI assiste gli utilizzatori nelle fasi sperimentali all'interno del software. Se necessario, la routine di automazione consente agli utilizzatori di muoversi in maniera ottimale attraverso le diverse fasi per massimizzare le opportunità di processamento non supervisionato dei dati durante le ore notturne e nel fine settimana. Con Progenesis QI otterrete:
- Selezione e allineamento automatici dell'analisi di riferimento
- Selezione e normalizzazione automatiche dei picchi
- Progettazione sperimentale automatica da file CSV e SPL
- Tutte le fasi automatizzabili fino al punto di identificazione dei composti
La semplificazione degli esperimenti omici inizia con la riduzione del collo di bottiglia nell'interpretazione dell'elenco delle rivelazioni: qual è la biologia alla base dei cambiamenti osservati? Un modo per rispondere a questa domanda ed estrarre il valore massimo dai dati di rivelazioni omiche è Pathway Analysis. Nel software Progenesis QI abbiamo inserito strumenti di esportazione per comunicare facilmente e rapidamente con programmi Pathway Analysis di terzi.
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