Las separaciones de intercambio iónico (IEX) se realizan habitualmente aplicando un gradiente salino creciente, modificando el pH o aplicando simultáneamente cambios de pH y de concentración de sal; donde las especies de proteínas menos cargadas eluyen antes que las moléculas de mayor carga. En función del tipo de proteína y el pH de separación, se selecciona un intercambiador aniónico o catiónico. Asimismo, la duración del gradiente, el pH y la composición del tampón, el flujo y la temperatura de la separación son factores que desempeñan una importante función a la hora de obtener la selectividad deseada entre proteínas.