Pour réaliser des séparations par chromatographie d’échange d'ions, on utilise généralement un gradient de sels, de pH ou une combinaison des deux pour obtenir une élution en fonction de la charge nette. La séparation est réalisée à l'aide d'un échangeur anionique ou cationique en fonction du type de protéine et du pH de la phase mobile. Par ailleurs, la durée du gradient, la composition et le pH du tampon, le débit et la température de la colonne sont autant de facteurs importants pour obtenir les séparations voulues.