Le separazioni a scambio ionico sono generalmente eseguite utilizzando gradienti salini a concentrazione crescente, variazioni del pH o incrementi di salinità contemporaneamente a variazioni del pH con l’eluizione di specie proteiche a cariche inferiori prima di molecole con cariche più elevate. In base al tipo di proteina (pI) ed al pH di separazione si sceglie uno scambiatore anionico o cationico per la separazione. Inoltre durata del gradiente, pH e composizione del tampone, velocità di flusso e temperatura di separazione rivestono tutti un ruolo importante per ottenere la necessaria separazione delle proteine.