マルチスレッドのデータ処理
ProteinLynx Global SERVER™（PLGS）は、MaxEnt™アルゴリズムにより、同位体と荷電状態が異なるイオンを、ペプチドのモノアイソトピック質量に統合することにより、感度と生データから得られる情報量を最大化することが可能です。
バイオマーカー探索のためのタンパク質およびペプチドの定量
ウォーターズのタンパク質発現解析システムによる、ラベルフリーのタンパク質またはペプチドのLC/MS定量分析は、高い再現性と正確さを必要とする大規模な研究に最適です。ペプチドとそのフラグメントの情報を同時に記録するLC/MSEデータ取得法により、溶出したすべてのペプチドを検出しタンパク質を同定します。
タンパク質及び翻訳後修飾の同定（マルチスレッド）
ProteinLynx™とMASCOT®データベース検索を統合することにより、ウォーターズの飛行時間型質量分析計で取得したMSおよびMS/MSデータの精密質量により同定される、タンパク質の数を最大化でき、信頼性が高まります。ウォーターズのAutoModアルゴリズムは、迅速な翻訳後修飾のスクリーニングを行い、データベースから同定されるタンパク質のカバー率を最大化します。AutoModは、PLGS及びMASCOTのどちらのデータベース検索結果にも使用できます。
De novoペプチドシーケンス解析およびホモロジー検索（マルチスレッド）
タンパク質のデータベースに登録されていないペプチドの同定には、MassSeq™が有効です。MassSeq™は、MS/MSデータの精密質量による選択性を活かして、最も可能性の高いde novoペプチドシーケンスを行います。
自動化
PLGSは、上記の複数のアルゴリズムを、連続して実行するように設定できるので、スペクトルからの質量情報の抽出、データベース検索、翻訳後修飾解析、de novoペプチドシーケンス解析、BLASTホモロジー検索、及び結果のレポート作成までの一連の解析を、自動で行うことが出来ます。
プロジェクト管理およびデータ交換
PLGSは、2D PAGEから1DLCまたは2DLCワークフローまでの、MALDI TOF MS、MALDI TOF PSD、MALDI/MS/MS、ESI/MS及びESI/MS/MSデータを完全サポートしており、それらの結果をプロジェクトという形式で、一元管理することができます。また、データベース管理機能がインハウスのデータベースを管理しており、自動的にウェブや社内サーバーから最新版をアップロードして更新を行います様々なプラグインを追加できる設計を採用し、複数のファイルフォーマット（XML、mzData、pkl、txtなど）をサポートしているため、他のソフトウェアやLIMSとの統合も容易で、分析結果をタイプの異なる試験のデータとリンクさせることが可能です。ツール、サンプル、データ、および結果はすべて、統合されている単一のブラウザからアクセスできます。
MASCOTは、Matrix Science社の登録商標です。
