イオン交換クロマトグラフィーではペプチドは電荷の違いにより分離し、伝統的に使用される逆相クロマトグラフィーに対して異なる/直交する分離メカニズムがより望まれる場合に使用されます。
分離は、塩濃度を上昇させるグラジエントにより最も一般的に行われ、より小さく、電荷の小さいペプチド種が長いペプチドフラグメントよりも先に溶出します。逆相ペプチド分離とは異なり、移動相pHが分離に著しく影響するため、十分な結果を得るためには分析法開発が不可欠です。
他のバイオセパレーションと同様に、この厳しいアプリケーションに対して、HPLCベースのカラムを用いた分析と比べて、小さい粒子径を用いるUPLC/UHPLCはより短い時間で卓越した分離を提供します。