TFA やギ酸などのイオン対試薬を使用した逆相クロマトグラフィーは、たった一つののアミノ酸の配列が異なるような複雑なペプチド混合物(タンパク質のトリプシン消化物や長い合成ペプチド配列など)について、高度な分離を実現できます。一般に、ペプチドの疎水性によって、それらの溶出順序が決まります(疎水性が最も低いペプチドが最初に溶出)。
基材の種類(シリカまたはハイブリッドシリカ)、ポアサイズ(130 Åまたは300 Å)、リガンド密度、分離条件(グラジエント時間、カラム温度、流量など)といった要因すべてが、アプリケーションの要件に適合する分離の実現に重要な役割を果たします。
他のバイオセパレーションと同様、UPLC/UHPLC カラム製品では、より小さな粒子径を使うことで、この厳しいアプリケーションに対して、HPLC ベースのカラムと比較して優れた成分分離能と分析時間短縮を実現します。