ゲルろ過としても知られる、サイズ排除クロマトグラフィーは、絶対分子量ではなく溶液中でのサイズ(ストークス半径)に基づいて分離し、大きいペプチドが小さいペプチドの前に溶出します。このアイソクラティックに基づく技術の主な推進メカニズムは、充塡カラムに用いられるSECパーティクルのポアサイズとポアボリュームです。対象となるペプチドの分子量が大きくなるに従って、比較的ポアサイズの大きいパーティクルを充塡したSECカラムが選択されます。
他のバイオセパレーションカラム同様、小さい粒子径のパーティクルを用いることで、UPLC/UHPLCカラムでは、この要求の高いアプリケーションに対し、短時間で高分離を達成できます。