As separações IEX são geralmente realizadas com a utilização de gradientes de aumento de sal, a alteração de pH ou aumentos de sal e alteração de pH simultâneos, com espécies de proteínas menos carregadas em eluição antes de moléculas com cargas mais elevadas. Com base no tipo de proteína e no pH de separação, seleciona-se um trocador aniônico ou catiônico para a separação. Além disso, a duração do gradiente, a composição e o pH do tampão, a taxa de fluxo e a temperatura de separação também desempenham papéis importantes na obtenção das separações de proteínas.