AEX是分离基因治疗药物的基础技术，包括反义寡核苷酸、siRNA、CRISPR单向导RNA (sgRNA)、核糖核蛋白复合物、mRNA、DNA质粒和病毒衣壳。阴离子交换机制基于带负电荷的分析物和带正电荷的固定相之间的静电相互作用。生物分子的负电性越强，在色谱柱树脂上的吸附越紧密。随着流动相的离子强度或pH值变化，分析物基于电荷密度进行分离和洗脱。
为工作流程选择合适的沃特世AEX色谱柱和标准品，确保获得理想的分析条件。
沃特世的Gen-Pak FAX (4.6 x 100 mm)色谱柱能够在核酸的阴离子交换HPLC分析中提供更高的分离度。Gen-Pak FAX色谱柱包含基于DEAE官能化无孔树脂的弱阴离子交换剂，填充2.5 µm颗粒，非常适合分析级和微量制备级应用。
沃特世的Protein-Pak Hi Res Q (4.6 x 100 mm)离子交换(IEX)色谱柱可用于重组蛋白、单克隆抗体以及其他生物化合物的表征分析。这些色谱颗粒的无孔、高载量结合能力，使其与许多传统多孔性IEX填料颗粒相比，能让带电物质在更短时间内获得出色的分离度。
在非变性条件下，寡核苷酸和长链核酸包含携带负电荷的聚阴离子磷酸盐骨架，这一官能团使核酸成为适用于AEX的理想候选物。沃特世Gen-Pak FAX色谱柱是一种无孔的2.5 µm弱阴离子交换树脂，专为分析从合成寡核苷酸到mRNA的各种核酸而设计。
Protein-Pak Hi Res Q色谱柱含有带季铵官能团的无孔聚合物树脂，它在强阴离子/阳离子交换(SAX)应用方面具有丰富而广泛的用途，包括mRNA的完整性分析、CRISPR单导向RNA (sgRNA)和核糖核蛋白复合物的形成、质粒DNA的亚型定量以及病毒载体基因疗法的空/满包封分析。
观察到在与Cas9蛋白质形成复合物后存在稍微过量的sgRNA。分别在260 nm（黑色）和280 nm（红色）波长下监测络合过程。
使用不同AEX色谱柱获得的寡核苷酸dT ladder的UV色谱图(260 nm)。盐梯度分离在30 ˚C下进行，流动相由20 mM Tris pH 8缓冲液组成，流速0.72 mL/min，NaCl梯度10分钟从300增加至600 mM。
ΦX174质粒亚型（L、O、SC）在Waters Protein-Pak Hi Res Q色谱柱上的分离。20 mM Tris pH 7.4，四甲基氯化铵在10 min内从1.69 M增加至1.75 M。流速：0.4 mL/min。
使用优化的AEX方法定量各种空衣壳和满衣壳混合物中的空衣壳百分比。
Cas9 mRNA (A)和EPO mRNA (B)的离子交换分离结果，使用AEX色谱柱、Tris缓冲流动相和氯化钠梯度结合一系列不同的柱温(30~60 °C)。
Cas9 mRNA (A)和EPO mRNA (B)的离子交换分离结果，使用AEX色谱柱、Tris缓冲流动相和氯化钠梯度结合一系列不同的柱温(30~60 °C)。
